Коронавирус «sars-cov-2» (2019-ncov)

Устойчивость коронавирусов в окружающей среде

По данным трех научных публикаций на эту тему, вышедших в феврале-марте, коронавирусы держатся на большинстве твердых поверхностей около 72 часов и лучше сохраняют жизнеспособность на пластике, лакированной деревянной поверхности и нержавеющей стали, чем на меди и картоне. Это подтверждает существенную роль контактного пути заражения через руки, касающиеся сначала ручек дверей, кнопок лифтов, кранов в туалетах и т. д., а потом — лица. Именно поэтому этих предметов надо касаться руками в перчатках или через салфетки, а в случае касания голыми руками как можно быстрее их помыть или протереть спиртовой салфеткой. И не касаться загрязненными руками или перчатками лица или глаз.

На тканях и мехе вирус инактивируется, судя по всему, намного быстрее (за шесть-десять часов) из-за их пористой объемной структуры, в которой содержащие вирус частицы диспергируются, быстро высыхают и в которую легко проникает окисляющий их воздух.

В воздухе возбудители заболевания могут в виде мельчайших аэрозолей находиться до трех часов, что подтверждает воздушно-капельный путь заражения.

Сценарий 3:Мутации в вирусе возникли в результате естественного отбора во время переноса

Фундаментальные исследования, связанные с пассажем SARS-CoV-подобных коронавирусов летучих мышей в клеточных культурах и/или на животных моделях, ведутся в течение многих лет в лабораториях уровня 2 по биобезопасности во всем мире, и имеются документально подтвержденные случаи лабораторных утечек SARS-CoV. Поэтому мы должны изучить возможность непреднамеренного лабораторного высвобождения SARS-CoV-2. Теоретически, возможно, что SARS-CoV-2 приобрел мутации RBD (Рис. 1a) во время адаптации к пассажу в культуре клеток, как это наблюдалось ранее в исследованиях SARS-CoV. Однако обнаружение SARS CoV-подобных коронавирусов у панголинов с почти идентичными RBD обеспечивает гораздо более логичное объяснение того, как SARS-CoV-2 приобретал их посредством рекомбинации или мутации. Приобретение как многоосновного сайта расщепления, так и O-связанных гликанов также противоречит сценариям, основанным на исследованиях в культуре клеток. Новые многоосновные сайты расщепления наблюдались только после длительного прохождения вируса птичьего гриппа с низкой патогенностью in vitro или in vivo. Кроме того, гипотетическая генерация SARS-CoV-2 путем клеточной культуры или пассажа у животных потребовала бы предварительного выделения вируса-предшественника с очень высоким генетическим сходством, которое пока не было описано. Последующее образование многоосновного сайта расщепления потребовало бы повторного пассажа в клеточной культуре или у животных с рецепторами ACE2, сходными с таковыми у людей, но такое исследование также ранее не было проведено. Наконец, генерация О-связанных гликанов также вряд ли произошла из-за пассажа в клеточной культуре, поскольку такие особенности предполагают участие иммунной системы, что невозможно в условиях клеточной культуры.

Заключение и выводы

В разгар глобальной чрезвычайной ситуации в области общественного здравоохранения разумно задаться вопросом о причинах возникновения пандемии. Детальное понимание того, как вирус животных широким шагом перешел через границы видов для столь активного заражения людей, поможет предотвратить будущие случаи зоонозного переноса. Например, если SARS-CoV-2 предварительно адаптирован к другим видам животных, то существует риск его повторного появления. Напротив, если адаптивный процесс произошел у людей, то даже если происходят повторные зоонозные переносы, они вряд ли начнут развиваться без той же серии мутаций. Кроме того, выявление ближайших родственников вируса SARS-CoV-2, циркулирующего у животных, будет в значительной степени способствовать изучению морфологии вируса, вирулентности и разработки тактики эффективной терапии. Действительно, наличие последовательности RaTG13 у летучих мышей помогло выявить ключевые мутации RBD и сайт многоосновного расщепления.

Особенности генома нового коронавируса, описанные в данном исследовании, могут частично объяснить вирулентность и контагиозность SARS-CoV-2 у людей. Хотя данные показывают, что SARSCoV-2 не является целенаправленно управляемым вирусом, в настоящее время невозможно доказать или опровергнуть другие теории его происхождения, описанные здесь. Однако поскольку мы наблюдали все заметные признаки SARS-CoV-2, включая оптимизированный RBD и многоосновный сайт расщепления, в связанных коронавирусах в природе, мы не считаем, что какой-либо искусственный лабораторный сценарий правдоподобен. Большее количество исследований может изменить баланс данных в пользу одной гипотезы по отношению к другой. Получение родственных вирусных последовательностей из животных источников было бы наиболее точным способом выявления вирусного происхождения. Например, будущее наблюдение за промежуточным или полностью сформированным многоосновным сайтом расщепления у вируса, подобного SARS-CoV-2 у животных, могло бы еще больше подкрепить гипотезы естественного отбора. Было бы также полезно получить больше генетических и морфофункциональных данных о SARSCoV-2, включая исследования на животных моделях. Идентификация потенциального промежуточного хозяина SARS-CoV-2, а также определение последовательности вируса в очень ранних случаях были бы весьма информативными. Независимо от точных механизмов, с помощью которых SARSCoV-2 возник в результате естественного отбора, постоянное наблюдение за пневмонией у людей и других животных, несомненно, имеет огромное значение.

Карантинные меры сейчас в России

Начавшись в отличие от ряда стран очень постепенно, вспышка инфекции в России в марте, к сожалению, приобрела эпидемический характер без тенденций к снижению, и поэтому введение в России различных по жесткости карантинных мер с конца марта было совершенно оправданным. Такие меры нет смысла вводить на время, меньшее чем один инкубационный период со дня выздоровления последнего заболевшего, и поэтому 30 апреля — это правильный срок при условии строгого соблюдения условий карантинных мер, особенно в Москве. А эти условия, похоже, соблюдаются далеко не всеми и, что самое печальное, не соблюдаются целым рядом публичных персон, которые вроде бы должны быть примером для всего населения страны.

Карантинные меры в России сейчас очень нужны, потому что надо «сплющить» пик эпидемии, дав возможность больницам пролечить побольше больных людей. Но параллельно надо усилить и расширить выявление инфицированных контактных лиц, включая бессимптомных, с помощью надежных тест-систем, которые надо выпускать в десятки раз больше, чем до сих пор. Для этого надо проводить анализ на наличие вируса всех не только выздоровевших, но и контактных лиц перед выпуском их из карантинов.

Проведение анализов в максимальном масштабе надо организовать через коммерческие диагностические сети с тем, чтобы результаты выдавались в течение суток. Кроме того, стоит так же, как в Германии, начать проверку всех заинтересованных граждан, пусть поначалу и платную, на наличие иммунитета к коронавирусу. И, может быть, имеет смысл выдавать сертификаты гражданам с хорошим уровнем антител о том, что они защищены. Это было бы также весьма разумным для выхода из карантина.

Но для этого нужны надежные, сертифицированные на панелях сывороток диагностические тест-системы на антитела к этому вирусу, а также подтверждающие тесты, поскольку — особенно на первых вариантах таких тест-систем — возможны как ложнопозитивные, так и ложнонегативные реакции. И необходимо начать срочное изучение иммунного статуса переболевших детальными иммунологическими методами. Кроме того, после регистрации тест-систем на антитела коммерческими компаниями надо обеспечить включение такого тестирования в страховые услуги. Чем быстрее, тем лучше.

Сценарий 1:Естественный отбор у животного-хозяина перед зоонозным переносом

Так как многие ранние случаи COVID-19 были связаны с рынком Хуанань города Ухань, Китай, возможно, что источник инфекции в виде животных присутствовал именно в этом месте. Учитывая сходство SARSCoV-2 с SARS-CoV-подобными коронавирусами летучих мышей, вполне вероятно, что летучие мыши служат резервуарными хозяевами для своего предшественника. Хотя RaTG13, отобранный у летучей мыши Rhinolophus affinis, примерно на 96% идентичен SARS-CoV-2, его шип расходится в RBD, что позволяет предположить, что он не может эффективно связываться с ACE27 человека (Pис. 1a).

Малайские панголины (Manis javanica), незаконно ввезенные в провинцию Гуандун, переносили коронавирусы, похожие на SARSCoV-2. Хотя вирус летучей мыши RaTG13 остается наиболее близким к SARS-CoV-2 по характеру своего генома, некоторые коронавирусы панголина демонстрируют сильное сходство с SARS-CoV-2 в RBD, включая все шесть ключевых сайтов RBD (рис. 1). Это ясно показывает, что связывающий белок SARS-CoV-2, оптимизированный для связывания с человеческим ACE2, является результатом естественного отбора. Ни у бета-коронавирусов летучих мышей, ни у бета-коронавирусов панголина, выделенных и изученных до настоящего времени, нет многоосновных сайтов расщепления. Хотя не было выявлено ни одного коронавируса животных, который был бы достаточно похожим, чтобы быть прямым предшественником SARS-CoV-2. Разнообразие коронавирусов у летучих мышей и других видов подвергается многочисленным исследованиям. Как инсерции, так и делеции могут происходить вблизи S1-S2 соединения коронавирусов, что показывает, что сайт многоосновного расщепления может возникать в результате естественного эволюционного процесса. Для того, чтобы вирус-предшественник приобрел как сайт многоосновного расщепления, так и мутации в связывающем белке, подходящем для связывания с человеческим АСЕ2, животному-хозяину, вероятно, потребуется высокая плотность популяции (чтобы обеспечить эффективный естественный отбор для проведения) и кодирование АСЕ2 гена, похожего на человеческий ортолог.