Откуда взялся новый коронавирус: sars-cov-2

Работа в офисе как новая привилегия

Изначальный рост продуктивности, который показывали работники, переведенные на работу из дома, довольно быстро сменился ростом усталости

Сказалось сразу несколько факторов: недостаток рабочего пространства, специфические «домашние факторы» в виде детей, родственников или соседей, постоянно отвлекающие внимание, нехватка общения в коллективе, излишний или, наоборот, минимальный контроль со стороны работодателя. Все это стало препятствиями для нормальной работы, что для многих обернулось потерей мотивации к труду

На это наложился и фактор неопределенности, связанный с нестабильной экономической ситуацией и увольнениями, которые охватили многие отрасли. Так что весенние пророчества об «удобности» и «эффективности» удаленной работы для многих оказались ложными. Наоборот, можно сказать, что сегодня сформировалась новая привилегия — хотя бы несколько дней в неделю работать в офисе.

Теория 2. SARS-CoV-2 – «дитя» лаборатории

Прежде всего, на эту мысль наталкивает факт, что вблизи Уханьского рынка, где были зафиксированы первые случаи заболевания, находится лаборатория, специализирующаяся на изучении коронавирусов. В частности ее сотрудники изучали возможности преодоления вирусами видовых барьеров.

Сторонники этой теории выдвигают несколько вариантов возможного развития событий. По одной гипотезе, могла случиться утечка вируса, адаптированного к другим видам животным, а позже он мутировал и до штамма, опасного для человека. Или же SARS-CoV-2 изначально может иметь синтетическую природу. Такое предположение выдвинули спецслужбы многих стран, в том числе Германии, Великобритании, Канады, США. Тем более, что человечество уже сталкивалось со случаями утечки вирусов из лабораторий. Такое случилось с вирусом Марбург, возбудителем тяжелой геморрагической лихорадки, в 1977 году.

В чем виноваты вирусологи из Ухани?

Основным аргументом в пользу теории китайского происхождения SARS-CoV-2, служит тот факт, что в течение последних 15 лет в Уханьском университете занимаются исследованием коронавирусов летучих мышей. Примерно за 4 года до начала пандемии доктор Ши Чжэнли, возглавляющая изучение коронавирусов, совместно с американскими исследователями пришла к выводу, что вирусы, генетически напоминающие SARS, способны напрямую передаваться от летучих мышей людям, вызывая болезнь, не поддающуюся терапии. А в марте 2019 года ученая предвидела эпидемию атипичной пневмонии, которая может начаться в Китае.

Что интересно, лаборатория, где изучали коронавирусы, находится недалеко от Уханьского рынка, ставшего начальным звеном будущей эпидемии. При этом в лаборатории категорически отрицают обвинения в разработке штамма и утечке вируса. В то же время по одной из теорий, нулевым пациентом, был не посетитель рынка, а сотрудница института вирусологии в Ухани Хуан Яньлин. Но вскоре Китай «зачистил» все упоминания об этой больной .

Какое отношение к новому коронавирусу имеют американцы?

Еще в 2013 году исследователи открыли SARS-подобный вирус SHC014-CoV, «мишенью» которого были подковоносые летучие мыши . Но спустя 2 года вирусологи из Ухани вместе с исследователями из Университета Северной Каролины из SARS и SHC014 создали вирус-химеру. Он мог инфицировать уже не только летучих мышей, но и людей. В ходе исследований на подопытных мышах было установлено, что вирус вызывает пневмонию. При этом препаратов против болезни на то время не было. Только в 2018 году была создана вакцина против этого вируса . Вскоре научное сообщество выразило свое недовольство подобными экспериментами, опасаясь, что просочившись за пределы лаборатории, вирус окажет серьезную опасность для человечества .

Когда вспыхнула пандемия, многие вспомнили о SHC014. Однако группа ученых из Северной Каролины, Огайо и Пенсильвании опровергли связь между SARS-CoV-2 и вирусом-химерой, аргументируя свою мысль существенными отличиями в генетических кодах этих двух вирусов .

Что необычного в SARS-CoV-2 обнаружили французские ученые?

А вот французский вирусолог из Университета Экс-Марсель Этьен Декроли обратил внимание на необычное строение генома SARS-CoV-2. Французские ученые обнаружили, что ген, кодирующий белок-шип, содержит 4 сегмента, которых нет в других коронавирусах, генетически похожих с человеческим

Полагается, что именно эти сегменты наделяют SARS-CoV-2 исключительными качествами. При этом, первые три сегмента были обнаружены и в ранее известных штаммах коронавируса, что, по мнению ученых, подтверждает их давнее происхождение и эволюцию. А вот последний – уникальный, ранее не известная ученым. Не исключено, что появление этого четвертого сегмента – результат лабораторных экспериментов. Ученые полагают, что именно он сыграл ключевую роль в распространении патогена среди людей .

Но в то же время многие специалисты выступают категорически против теории лабораторного происхождения вируса. В частности, микробиолог Кристиан Андерсен вместе с коллегами из Колумбийского, Сиднейского и Тулейского университетов, исследовали геном нового коронавируса и пришли к выводу, что он имеет естественное происхождение. По мнению ученых, в основе синтетического вируса был бы уже известный возбудитель человеческих заболеваний, а молекулярная основа SARS-CoV-2 имеет больше общего с вирусом летучих мышей. Что разрушает теорию «биологического оружия» .

Характеристики и структура SARS-CoV-2

Вирион коронавируса SARS-CoV-2, как и большинство других Coronaviridae имеет шарообразную форму, с нуклеокапсидом и РНК внутри, а снаружи покрытым жировой (липидной) оболочкой. Длина РНК составляет до 30 000 нуклеотидов в последовательности, где также присутствуют нетранслируемые участки длиной 281 и 325 нуклеотида. Из липидной оболочки выступают булавовидные пепломеры гликопротеин S, гемагглютинин-эстераза (НЕ), белки М, Е.

Устойчивость во внешней среде

Согласно исследованиям2 итальянских ученых Filippo Ansaldi, P Morelli и прочих, капсид коронавируса (SARS-CoV), как и вируса группы А (Influenza A virus) повреждается при контакте с этанолом (70%), хлоргексидином (1%), гипохлоритом натрия (0,01%), что препятствует его дальнейшей репликации.

Другие дезинфекторы, которые убивают коронавирус в течение 1 минуты — этанол (80% и более), изопропанол (45%), н-пропанол (30%), мезетрония этилсульфат (0,2%).

Вирус разрушается на поверхности в случае воздействия на него температуры +33 °С в течение 16 часов, или +56 °С, в течение 10 минут.

Также инфекция разрушается при воздействии ультрафиолетовых лучей в течение 2-15 минут, это в случае обработки поверхности УФ-облучением от кварцевых ламп.

В воде коронавирусы способны сохранять свою активность в течение 9 суток. Столько же времени инфекция живет при комнатной температуре (около 22 °С) на следующих поверхностях — пластик, металл, стекло, бумага.

При охлаждении до +4 °С, особенно на фоне высокой влажности или замораживании температурой в −70 °С — в течение нескольких лет.

Патогенез коронавирусной инфекции

Входные ворота — эпителий верхних дыхательных путей, эпителиальные клетки желудка и кишечника. Коронавирус проникает в клетки, имеющие рецепторы ангиотензинпревращающего фермента II типа (ACE2), там он накапливается и размножается. Из носоглотки вирус распространяется по кровеносным сосудам, поражая клетки нижних дыхательных путей, желудка, кишечника, проникая глубже в ткань. В большинстве случаев данный процесс самостоятельно ограничивается, что приводит к полному выздоровлению по мере формирования запаса защитных антител в организме.

При инфекции COVID-19 вирусы могут продолжать выделяться даже спустя некоторое время после их исчезновения из дыхательных путей. Это указывает на вероятность более позднего фекально-орального механизма передачи заболевания.

При одновременном отсутствии иммунитета к инфекции и наличии иммунодефицита на фоне сопутствующих заболеваний вирус может прорвать иммунную защиту и массивно распространиться по тканям организма. Так, например, происходит при заражении новым штаммом SARS-CoV-2. Распространение инфекции ведёт к каскаду патологических реакций, в ходе которых прогрессирует поражение альвеол, возникает тяжёлая дыхательная недостаточность и наступает смерть. Схематично это можно представить следующим образом:

• в ответ на воспалительный процесс образуются провоспалительные факторы, которые активируют альвеолярные нейтрофилы и макрофаги — клетки, пожирающие чужеродные и ненужные субстанции;
• нейтрофилы прикрепляются к внутренней поверхности лёгочных капилляров и вызывают цитокиновый шторм: они высвобождают цитотоксические факторы (в том числе агрессивные соединения кислорода), которые повреждают стенки мелких альвеолярных сосудов .
• из-за повреждения сосудов воспалительная жидкость (экссудат) проникает в само воздушное лёгочное пространство, что ведёт к гипоксии — кислородному голоданию;
• также из-за повреждения клеток нарушается выработка сурфактанта — вещества, препятствующего спаданию альвеол.
• на фоне спадения альвеол усиливается гипоксия, снижается жизненная ёмкость лёгких. В результате в лёгочной артерии образуются тромбы, развивается лёгочная гипертензия — повышение давления в малом круге кровообращения. Тяжёлая лёгочная гипертензия может привести к сердечной недостаточности и летальному исходу .

Вирус одинаково влияет на организм человека независимо от возраста. Опасность для пожилых и ослабленных людей заключается лишь в разбалансировке работы организма и ухудшении уже имеющихся хронических заболеваний. Подобное происходит и при других возбудителях респираторных инфекций, например при гриппе. Однако опасность нового коронавируса заключается в более частом развитии осложнений из-за полной неспособности иммунитета противостоять неизвестному для него патогену.

Меньше мяса и больше растительной пищи

Из-за страха, что вирус может проникнуть в животных на фермах, люди стали потреблять меньше мяса, замещая его растительной пищей. Так, по данным ООН, потребление мяса на душу населения в 2020 году сократится почти на 3% до самого низкого уровня с 2011 года. Больше всего эта тенденция проявилась в Европе. Например, по данным на май 2020 года, лишь 26% граждан ФРГ потребляют мясо ежедневно (против 34% в 2015 году). Американский Исследовательский институт сельскохозяйственной политики при Университете Миссури также прогнозирует, что в стране впервые с 2014 года произойдет сокращение потребления мяса.

Timeline[edit]

Discoveryedit

On 4 November 2020, Prime Minister of Denmark Mette Frederiksen stated that a mutated coronavirus was being transmitted to humans via minks, tied primarily to mink farms in Northern Jutland. A report by the State Serum Institute (SSI) found that there had been 12 human infections (8 directly associated with mink farms, 4 in the nearby community) involving this mutation in Northern Jutland (being referred to as «cluster 5»), and its antibody response was weaker. While the institute stated that the mutation appeared to be no more dangerous than other coronaviruses, Kåre Mølbak and Tyra Grove Krause of the SSI warned that the mutation potentially could reduce the effect of COVID-19 vaccines currently under development, although it was unlikely to render them useless. SSI noted that while cluster 5 was of some concern, they were also worried about potential future mutations that could appear in mink, leading to their recommendation of closing down all the farms in the country.

Lockdown and cullingedit

As a preventative measure, Frederiksen announced that the country was already in the process of culling its mink population of about 14 million (initial reports of 15-17 million were based on estimates from earlier years when the industry was larger). To prevent spread of the mutation, it was also announced on 5 November that a lockdown and movement restrictions would be implemented in the Northern Jutland municipalities of Brønderslev, Frederikshavn, Hjørring, Jammerbugt, Læsø, Thisted, and Vesthimmerland effective 6 November, All cultural institutions, cinemas, theatres, sports and leisure facilities, and dine-in restaurants were ordered closed, and travel into or out of the municipalities was prohibited. Public transport was suspended 9 November. Mass-testing was initiated (Denmark already had one of the world’s highest test rates) and trace programs were further upscaled. The restrictions in Northern Jutland were initially planned to last until 3 December, but they could be reversed earlier depending on the speed of the mink culling and mass-testing of people, and if no new cases of cluster 5 were located.

The WHO released a statement on the SARS-CoV-2 variants on 6 November. It explained that this cluster had a combination of mutations that had not been previously observed. The variant had moderately decreased sensitivity to neutralizing antibodies, but further studies would be required to understand implications regarding diagnostics, therapeutics and vaccines. This was later echoed in a risk assessment published by the European Centre for Disease Prevention and Control (ECDC), which notes that the risk for the mink-related variants is similar to the general COVID-19 risk, but could be reassessed if the concerns raised regarding immunity, reinfection, vaccination, and treatment are confirmed when it comes to cluster 5 in particular, also noting that virus circulation in mink farms could pose other issues in the future, and providing guidelines for managing the risk.

Aftermathedit

Following mass-testing, SSI announced on 19 November 2020 that they had found no new cases of cluster 5 and it was in all probability extinct. The special restrictions placed on some North Jutland municipalities were lifted on 19–20 November (they are still subjected to the standard COVID-19 restrictions that cover the entire country and are unrelated to the mink mutations).

Political consequencesedit

It was revealed in late November that the Minister for Agriculture, Mogens Jensen, and five other ministers had been made aware in September that the culling of the entire country’s mink population, rather than just those in the infected areas, would be illegal. Facing calls for resignation from the parliamentary opposition and sharp public criticism, Prime Minister Frederiksen acknowledged that the order to cull all minks was illegal, and Jensen resigned on November 18. A deal was later reached to retroactively make the government’s order legal.

International reactions[edit]

On 6 November, the United Kingdom announced that Denmark would be removed from the «corridor» whitelist of countries from which travellers may return without self-isolating for 14 days, citing the cluster-5 variant. On 7 November, the United Kingdom announced that it will also prohibit entry by non-residents travelling from Denmark, and non-residents who had been to Denmark within the past 14 days. British citizens will still be allowed to return home, but they, as well as all other members of their household, must self-isolate for 14 days. This travel ban was to be reviewed after a week.[]

Осложнения коронавирусной инфекции

Пневмония. Температура тела резко увеличивается, кашель усиливается, выделяется мокрота (при присоединении вторичной бактериальной крови она приобретает зеленовато-жёлтый оттенок, иногда можно заметить буроватые прожилки), возникают боли в груди во время кашля на стороне поражения и одышка, нарастает слабость и головная боль, возможно появление нейтрофильного лейкоцитоза в периферической крови (увеличение количества нейтрофилов).

Острый респираторный дистресс-синдром. Развивается в течение 2-6 дней от начала болезни. Характеризуется нарастанием сухого кашля, одышки, появлением учащённого поверхностного дыхания, участием вспомогательной мускулатуры во время дыхания, тахикардией, посинением губ и носа, прогрессирующим снижением уровня кислорода в крови ниже 90 %, нарушением кислотно-основного равновесия в организме. При выслушивании лёгких возможны хрипы, при рентгенографии — инфильтраты в лёгких, плевральный выпот. Прогноз часто неблагоприятный.

Мультисистемный воспалительный синдром. Развивается у детей и людей до 21 года. Проявляется длительной лихорадкой с температурой более 38°C, воспалительными изменениями большинства систем организма и повышением уровня воспалительных маркеров (С-реактивного белка, СОЭ, прокальцитонина, фибриногена и др.) .

Background[edit]

American mink (Neovison vison)

In 2019, Denmark was the largest producer of mink fur in the world, with the vast majority of the Danish farms located in northern and western Jutland. In recent years the industry had generally been in decline in the country. Along with bats, pangolins, and humans, minks are one of the many mammal species that can be infected with coronaviruses. Transmission of the virus from minks to humans, and mutations related to mink, were first documented in the Netherlands, which prompted the government to bring forward to the end of 2020 a ban on mink farming scheduled to go into effect in 2024. After the discovery in the Netherlands, the authorities in Denmark initiated a large-scale surveillance program of all mink farms in the country, with regular testing and genomic sequencing. The U.S. Department of Agriculture (USDA) confirmed that cases of minks ill with COVID-19 had been documented in Utah in August 2020. Additional outbreaks have been detected in Michigan, Wisconsin, and Oregon. As of 29 November 2020, COVID-19 infections in mink have been reported in Denmark, Italy, the Netherlands, Spain, Sweden, and the United States.

Классификация SARS-CoV-2

Активные исследования продолжаются, однако, на 27 января достоверно известны 26 генома SARS-CoV-2, а в марте их число увеличилось до 103.

В целом, уханьский коронавирус склонен к мутированию. Так, ученые выявили склонность SARS-CoV-2 к эволюционированию, поэтому, на март уже обнаружено 149 изменений в его штамме. Кроме того, новый коронавирус разделили на 2 подтипа — «L» и «S». Подтип «L» являлся первоначальной формой SARS-CoV-2, обнаруженной в Ухане, и его доля у больных составляет до 70%. Подтип «S» появился позже, является менее агрессивен и встречается примерно в 30% больных.

Штаммы коронавируса SARS-CoV-2

Наиболее популярными штамами являются:

«VUI-202012/01» — новый штамм коронавируса из Великобритании, или как его еще называют новый «Британский штамм», вызывающий COVID-19. Согласно последним данным, является на 70% более заразным, по сравнению с обычным, распространенным по всему миру штамом, терзающий людей с конца 2019 года

У «Британского коронавируса» выявлено 17 мутаций, но наиболее важной, которая и вызывает большую активность по проникновению в клетку «жертвы» является мутация N501Y в белке-шипе, использующийся для связывания в рецептором ACE2 человека. Именно из-за высокой заразности VUI-202012/01 на данный момент очень быстро вытесняет другие штаммы

Тем не менее, как заявляют вирусологи, против VUI-202012/01 вакцина будет также действенной.

Причины

Первоисточником инфекции были летучие мыши, однако, на сегодняшний день, главный источник (резервуар) SARS-CoV-2 – инфицированные люди.

Согласно исследований1 группы греческих врачей D.Paraskevis, G.Magiorkinis и прочих, новый коронавирус SARS-CoV-2 на 96,3% генетически схож на коронавирус летучих мышей BatCoV «RaTG13», что наталкивает на первопричину заражения человека.

Заражение коронавирусом SARS-CoV-2 происходит следующими путями:

• Воздушно-капельный (аэрогенный) – переносится с потоками воздуха, особенно если вблизи находится чихающий или кашляющий носитель инфекции. Также, микрокапельки носителя при кашле или чихании могут попадать на разные поверхности, после контакта с которыми здоровый человек может прикоснуться к глазам, рту и другим частям лица и также заболеть;
• Фекально-оральный путь (алиментарный) – инфекция во внешнюю среду попадает из ЖКТ, а после через зараженную воду или продукты вновь в организм человека.
• Контактно-бытовой – заражение происходит при использовании предметов гигиены или личных больного, особенно в случае контакта грязных вещей со слизистыми или открытыми ранами здорового человека.

В группу риска входят:

• Медперсонал;
• Лица, проживающие в плохих санитарных условиях;
• Лица с ослабленным иммунитетом;
• Лица, употребляющие в пищу змей, летучих мышей и других экзотических животных.

Заразность

Контагиозность (заразность) нового китайского коронавируса по отношению к другим вирусным инфекциям составляет:

• R0 Вирусы гриппа Influenzavirus — 1-2;
• R0 Коронавирус SARS-CoV-2 — 3,3-3,5;
• R0 Вирус кори Measles morbillivirus — 12-18.

R0 — базовое репродуктивное число, т.е. количество людей, которых носитель инфекции способен заразить вокруг себя.

Исходя из вышеперечисленных данных можно сделать вывод, что SARS-CoV-2 в 3 раза заразнее гриппа, но в тоже самое время в 4-5 раз менее заражен кори.

Распространение 2019-nCoV (эпидемиология)

Историческим началом 2019-nCoV считается средина декабря 2019 года, когда в г. Ухань (провинция Хубей, Китай) появилась вспышка атипичной пневмонии неизвестной этиологии. Как выяснилось при исследовании – возбудителем стал новый штамм коронавирусов, который генетически на 80% схож на ранее обнаруженный в 2002 г. славноизвестный коронавирус SARS-CoV (Severe Acute Respiratory Syndrome), унесший в свое время не одну тысячу жизней. Новому виду вирусной инфекции дали название 2019-nCoV (2019-Novel Coronavirus), а заболеванию, которое ним вызывается 11.02.2020 присвоили имя — «Covid-19».

Расследование показало, что новый коронавирус 2019-nCoV связан с Уханьским рынком животных и морепродуктов Хуанань, где популярным являются блюда из летучих мышей, змей, собак и других животных, несвойственных для употребления в пищу в большинстве стран мира. Благодаря этому, одним из названий 2019-nCoV стал – «Wuhan seafood market pneumonia virus». Интересен тот факт, что у схожего SARS-CoV резервуаром также являлись летучие мыши, но некоторые ученые все-же считают, что резервуаром стали змеи.

Дальше выяснилось, что несмотря на инкубационный период в 2-10 дней, инфицированный человек становится заразным для окружающих еще до появления первых признаков болезни. В связи с этим, в эпидемиологических целях г. Ухань и его округа были закрыты на карантин. Позже количество городов на карантине увеличилось.

30 января 2020 года ВОЗ признала новый коронавирус чрезвычайной ситуацией международного значения.

11 марта 2020 Всемирная Организация Здравоохранения назначила для COVID-19 статус — пандемия.

По состоянию на 5.02.2020: официально подтверждено 24584 инфицированных человека, из которых 493 умерло, а 727 выздоровело.

Наибольшее число зараженных было выявлено в Китае – 23260 человек. Остальные инфицированные люди проживают в других 27 странах, преимущественно в Юго-Восточной Азии (Япония – 33, Таиланд – 25, Сингапур – 24, Гонконг – 21 и прочие).

По состоянию на 21.12.2020: уже подтверждено 77 414 190 случаев инфицирования, из которых 1 703 549 умерло, а 54 309 251 выздоровело. Лидером в антирейтинге являются США — 18 296 125, далее Индия — 10 067 196, Бразилия — 7 241 612, Россия — 2 877 727, Франция — 2 473 354, Великобритания — 2 073 511.

На территории России на 21.12.2020 выявлено 2 877 727 случаев заражения, в Украине – 970 993.

Распространение коронавируса SARS-CoV-2 в мире (онлайн статистика)

«Зумерам» тяжелее всего далась самоизоляция

По сравнению с остальными поколениями, во время периода самоизоляции «зумеры» (молодежь в возрасте примерно 11-25 лет) чувствовали себя хуже всего. Главным образом, они жаловались на ощущение скуки (51%), меньшую физическую активность (47%) и повышенное чувство одиночества (41%). Также они высказали тревогу относительно негативного воздействия на здоровье из-за увеличившегося экранного времени: 31% против 25% миллениалов и 14% представителей поколения X. Также молодое поколение чаще испытывало повышенную тревогу и стресс по сравнению с более старшими: например, почти половина представителей «зумеров» заявили, что обеспокоены ситуацией с COVID-19.

Рекомбинационный анализ

В результате своего уникального случайного переключения матриц во время репликации РНК, который, как считается, опосредуется механизмом «выбора копии», коронавирусы имеют высокую частоту гомологичной рекомбинации РНК.

Впервые рекомбинация в коронавирусах была выявлена между различными штаммами MHV и впоследствии в других коронавирусах, таких как IBV, между MHV и BCoV, а также между кошачьим коронавирусом (FCoV) I типа и коронавирусом собак (CCoV). Как показано ниже, такая рекомбинация может приводить к образованию видов коронавирусов или различных генотипов внутри видов коронавирусов. По общему мнению, возможность гомологичной рекомбинации РНК и возможную часть генома, в которой произошла рекомбинация, обычно сначала оценивают с использованием бутсканированного анализа или филогенетического анализа с использованием различных частей генома коронавируса.

Другие методы для рекомбинационного анализа, такие как те в пакете RDP3, также доступны. Тогда точный тип гомологичной рекомбинации РНК лучше всего будет выявлен путем множественного выравнивания последовательностей.

Лучшим документированным примером генерации видов коронавирусов посредством гомологичной рекомбинации РНК является генерация FCoV типа II путем двойной рекомбинации между FCoV типа I и CCoV. Впервые было отмечено, что последовательность белка S в FCoV типа II была тесно связана с последовательностью CCoV, но последовательность ниже по течению от гена E в FCoV типа II была более тесно связана с последовательностью штамма FCoV типа I чем в CCoV. Это наблюдение предположило, что, возможно, произошел гомологичный случай рекомбинации РНК между геномами CCoV и FCoV типа I, что привело к генерации FCoV типа II.

Дальнейший анализ путем множественного выравнивания последовательностей выявил сайт рекомбинации в области в гене E. Несколько лет спустя была обнаружена дополнительная область рекомбинации в гене Pol, и был сделан вывод, что FCoV типа II возник в результате двух событий рекомбинации между геномами CCoV и FCoV типа I.

Что касается генерации различных генотипов у видов коронавирусов посредством гомологичной рекомбинации РНК, лучшим документально подтвержденным примером является HCoV-HKU1. Возможность гомологичной рекомбинации РНК впервые была заподозрена, когда несколько штаммов HCoV-HKU1 продемонстрировали дифференциальную кластеризацию, когда гены Pol, S и N были использованы для построения филогенетического дерева. Это наблюдение привело к последующему исследованию полного секвенирования генома 22 штаммов HCoV-HKU1.

Рекомбинационный анализ методом бутскана и филогенетический анализ с использованием различных частей 22 полных геномов выявил обширную рекомбинацию в различных частях геномов, что привело к образованию трех генотипов, A, B и C, HCoV-HKU1. Используя множественное выравнивание последовательностей, были точно определены два сайта рекомбинации.

Первый наблюдался на участке из 143 нуклеотидов около 3′-конца nsp6, где рекомбинация между генотипом B HCoV-HKU1 и генотипом C породила генотип A и второй в другом участке из 29 нуклеотидов около 3′-конца nsp16, где рекомбинация между генотипом A HCoV-HKU1 и генотипом B породила генотип C.

После эпидемии атипичной пневмонии отмечается заметное увеличение числа обнаруженных коронавирусов и секвенирование геномов коронавирусов. Это увеличение количества видов и геномов коронавирусов, всеобъемлющей и удобной для пользователя базы данных для эффективного поиска последовательностей и постоянно совершенствующихся инструментов биоинформатики позволило исследователям проводить значимый геномный, филогенетический, эволюционный уровень и расхождение, рекомбинацию и другие биоинформатические анализы на семействе Коронавирид.

Три разновидности (рода) коронавирусов: альфа-коронавирус , бета-коронавирус и гамма-коронавирус, были использованы для замены традиционных коронавирусов группы 1, 2 и 3. Вероятно, появится четвертый род, Deltacoronavirus, который включает BuCoV HKU11, ThCoV HKU12 и MunCoV HKU13. В соответствии с этой новой системой классификации коронавирусы летучих мышей доминируют над родами альфа-коронавируса и бета-коронавируса, а коронавирусы птиц доминируют над родами гамма-коронавируса и дельтакоронавируса. Это огромное разнообразие коронавирусов у летучих мышей и птиц сделало их превосходными генофондами для коронавирусов этих четырех родов.

Auckland August cluster:

• 177 cases total, of which 55 are active. One death.• The origins of this cluster remain under investigation.

On August 11, a person in their 50s, who worked at the Americold coolstore in Mt Wellington, tested positive for Covid-19. Further cases of the virus were detected in the worker’s colleagues and family.

On September 4, Americold staffer Alan Te Hiko, who was in his 50s, was the youngest person to die in New Zealand of the coronavirus. The origins of this cluster remain under investigation.

Mt Roskill Evangelical Fellowship sub-cluster:

• 33 cases. 17 active.• Genomically linked to Auckland August cluster.

The sub-cluster was originally larger, but was divided in two, when cases associated with the bereavement events were classified as a sub-cluster by the Ministry of Health. The epidemiological link to the Auckland August cluster is unknown.

Advertisement

Advertise with NZME.

Bereavement events sub-cluster:

• 15 cases. All active.• Genomically linked to Auckland August cluster.• Epidemiologically linked to Mt Roskill Evangelical Fellowship sub-cluster.

TO READ THE HERALD’S FULL CORONAVIRUS COVERAGE CLICK HERE

The virus was transmitted when a member of the Mt Roskill Evangelical Fellowship visited a bereaved family, while waiting for the results of a Covid-19 test, inadvertently infecting members of the bereavement group with the virus. Among those infected were a student at St Dominic’s Catholic College and a bus driver — both of whom are classified as members of the bereavement sub-cluster.

Botany sub-cluster:

• Six cases. One active.• Genomically linked to Auckland August cluster.

The first case in this sub-cluster was reported on August 28, and the most recent case was reported on Monday (September 14). According to the Herald, the group is made up of two households. The epidemiological link to the Auckland August cluster is unknown.

North Shore ER sub-cluster:

• Three cases. None active.• Genomically linked to Auckland August cluster.On 21 August, a man in his 30s arrived at North Shore Hospital with symptoms of the virus. It remains unclear how this man was infected with Covid-19.

GP sub-cluster:

• Five cases. Four recovered. One death.• Genomically linked to Auckland August cluster.

Advertisement

Advertise with NZME.

It remains unknown how former Cook Islands prime minister and prominent doctor Joe Williams, 82, contracted the Covid-19 infection that led to his death on September 4. Five other cases of the virus are associated with this sub-cluster, and the virus is genomically linked to the Auckland August cluster. The epidemiological link to the cluster is unknown.

The Outliers:

There are two other community cases of Covid-19 in New Zealand, which are not linked to the Auckland August cluster either genomically or epidemiologically. These cases, both now recovered, were identified in a worker at Auckland’s Rydges Hotel managed isolation and quarantine facility, and in the brother of a person who visited the Hobbiton film set.

‌

‌